L’église Saint-Jacques fut construite à l’initiative des chanoines de l’abbaye Saint-Remy entre 1730 et 1747. Son édification faisait partie d’un vaste projet de reconstruction du monastère dont il subsiste encore les bâtiments conventuels (actuel Hôtel de Ville) et l’hôtel de l’abbé (ancien presbytère, transformé en musée).
Les travaux commencés probablement par l’architecte Jean-Nicolas Jennesson furent interrompus faute de moyens financiers, avant que le chantier ne reprenne en 1745 sous la direction d’Emmanuel Héré (qui édifia ensuite la célèbre place Stanislas de Nancy) grâce à l’intervention du roi polonais Stanislas Leszczynski, devenu duc de Lorraine. L’architecture de l’église fut alors profondément influencée par l’art baroque en vogue dans les pays d'Europe orientale et centrale.
L’orgue de Saint-Jacques, prestigieux par ses qualités instrumentales, est unique car il est entièrement caché par un magnifique décor conçu par Emmanuel Héré. Il fut classé parmi les Monuments historiques en 1986, alors que l’église le fut dès 1926.
Depuis 2016, l'église abrite un espace muséal, la Tour de la Cloche, qui accueille dorénavant une exposition permanente sur l'art sacré (entrée libre).
